Parafia na warszawskich Stegnach powstawała na przełomie lat siedemdziesiątych i osiemdziesiątych dwudziestego wieku. Poniżej najważniejsze daty z jej dziejów.
Początki
Pierwszym marianinem, który przybył na Stegny, był 28 listopada 1978 roku ksiądz Franciszek Opieczonek MIC. Z czasem dołączyli kolejni kapłani.
8 września 1979 roku marianie otrzymali pozwolenie na rozpoczęcie prac budowlanych przy świątyni parafialnej i domu prowincjalnym. Plac budowy znajdował się w centralnej części Stegien, przy ulicy Bonifacego. Powstał tam barak z salkami katechetycznymi, kaplicą, mieszkaniami dla księży i kancelarią.
Pierwszą Mszę Świętą odprawiono 31 sierpnia 1980 roku w kaplicy na placu budowy. 7 września kaplicę uroczyście poświęcił ksiądz Józef Sielski, ówczesny generał Zgromadzenia Księży Marianów.
Budowa świątyni
Plan budowy zatwierdzono 14 sierpnia 1981 roku, a 20 sierpnia rozpoczęto wykopy pod fundamenty. Autorami projektu byli profesor inżynier Jan Bogusławski, magister inżynier Jerzy Bogusławski oraz doktor inżynier Krzysztof Dyga.
27 marca 1982 roku erygowano parafię pod wezwaniem Najświętszej Maryi Panny Matki Miłosierdzia przy ulicy Świętego Bonifacego 9. Pierwszym proboszczem został ksiądz Tadeusz Mierzwiński MIC.
Do 1983 roku mury osiągnęły wysokość przyszłego dachu. 13 listopada 1983 roku ksiądz biskup Władysław Miziołek wmurował kamień węgielny pochodzący z grobu Świętego Piotra, poświęcony przez papieża Jana Pawła II.
Jesienią 1984 roku na Stegny przeniesiono Zarząd Polskiej Prowincji Zgromadzenia Księży Marianów.
Kościół i dzwony
W Boże Narodzenie 1986 roku odprawiono pierwszą Mszę Świętą w górnym kościele. 29 marca 1987 roku ksiądz kardynał Józef Glemp, Prymas Polski, poświęcił kościół górny.
W 1988 roku ukończono budowę kaplicy błogosławionego Jerzego Matulewicza, a w 1989 roku wzniesiono wieżę-dzwonnicę.
1 kwietnia 1992 roku zawieszono trzy dzwony: Błogosławiony Jerzy (570 kilogramów), Jan Paweł II (989 kilogramów) i Matka Miłosierdzia (1718 kilogramów). Po raz pierwszy usłyszano je podczas rezurekcji 19 kwietnia 1992 roku.
31 maja 1993 roku ksiądz kardynał Józef Glemp dokonał uroczystej konsekracji kościoła.
Proboszczowie
- ks. Tadeusz Mierzwiński MIC — pierwszy proboszcz, od 1982 roku
- ks. Bogusław Binda MIC — od sierpnia 2005 roku
- ks. Marek Otolski MIC — od sierpnia 2017 roku